Hay testimonios de culturas antiguas en la Reserva de la Biosfera del Manu, como las pinturas rupestres de Pusharo. No se ha explicado el origen y significado de un conjunto de tallas. El padre de Vicente de Cenytagoya informó por primera vez en 1921 que la margen derecha era el Shinkibenia, afluente del río Palotoya. Se encontraron otros petroglifos en la gran roca «Xinkiori» en el río Q’eros, que es la leyenda de Huachipaeris. Asimismo, existe un sitio arqueológico en la zona de Mañeria, que se ubica aguas arriba del río Piñi Piñi y Alto Tono.
La historia de la región del Manu está marcada por la llegada de extranjeros, desde que el Imperio Inca (Inca Pachacútec) y Túpac Yupanqui (Túpac Yupanqui) incorporaron la región a su imperio, hasta la llegada de los extranjeros, hasta la llegada de los españoles. Invadieron Cuzco y establecieron la localidad de Paucartambo, donde se construyeron inmuebles e instalaciones auxiliares, y el rey español Carlos III ordenó la construcción de un puente para promover el comercio de productos de la zona. Fue así como el valle comenzó a abastecer al Cusco de coca, azúcar, algodón, pimienta, madera y otros productos.